Die Spätfolgen des Östrogenmangels treten nicht bei allen Frauen in gleichem Masse auf. Etwa ein Drittel der Frauen verliert wegen des Östrogenmangels besonders rasch an Knochensubstanz und ist deshalb osteoporosegefährdet. Ein erhöhtes Risiko haben schlanke, hellhäutige, feingliedrig gebaute und erblich belastete Frauen. Zu niedrige Östrogenspiegel im Blut begünstigen den Abbau von Knochensubstanz. Die Knochenstruktur wird geschwächt und der Knochen brüchig.

Folgen der Osteoporose sind Abnahme der Körpergrösse, Knochenschmerzen und geringere Belastbarkeit der Knochen mit erhöhter Gefahr von Knochenbrüchen. Besonders häufig sind Wirbelkörper-, Unterarm- und Schenkelhalsbrüche.
Infolge der geringeren Produktion von Östrogenen fällt die schützende Wirkung auf die Blutgefässe und das Herz weg. Das zeigt sich durch ein erhöhtes Erkrankungsrisiko aufgrund einer veränderten Durchblutung wichtiger Organe wie Gehirn oder Herz. So haben Frauen nach wenigen Jahren in der Postmenopause praktisch das gleiche Herzinfarktrisiko wie Männer. Das Risiko, an Arterienverkalkung (Arteriosklerose) und deren Folgen zu erkranken, ist erhöht.
In neuerer Zeit häufen sich Hinweise, dass die Östrogeneinnahme das Risiko der Alzheimer-Krankheit vermindert.
Östrogene regulieren unter anderem auch den Wassergehalt des Gewebes. Weniger Östrogene bedeuten weniger Flüssigkeit. Zusammen mit dem natürlichen Alterungsprozess verändert sich deshalb das Erscheinungsbild der Haut. Dies trifft auch auf die Schleimhäute zu. Die in den Wechseljahren dünner werdende Schleimhaut der Blase und der Harnröhre kann zu erhöhtem Harndrang führen. Durch das zu-sätzliche Erschlaffen der Beckenbodenmuskulatur tritt oft unwillkürlicher Harnverlust (Harninkontinenz) auf. Ähnlich wie bei den Harnwegen verändert sich die Scheide durch den Alterungsprozess und das Fehlen der Östrogene, was zum Verlust der Gewebeelastizität und zu geringerer Feuchtigkeit der Scheide sowie zu Schmerzen beim Geschlechtsverkehr führen kann.